La maggior parte dei gatti viene in contatto con il coronavirus e lo elimina o vi convive senza alcun problema. In una piccola percentuale di soggetti, invece, si sviluppa una sindrome devastante che  risulta in una infiammazione sistemica dei vasi sanguigni con danni irreversibili agli organi che questi alimentano, provocando la morte in pochi giorni. La FIP esiste in una forma più comune detta "effusiva" o acuta, in cui vi è accumulo di fluido nell'addome o nel torace, ed in una forma secca che progredisce molto più lentamente e a cui il gatto può sopravvivere per anni. Questa seconda forma può essere diagnosticca da un esame oculare alla ricerca di opacità del corpo vitreo ed ispessimento dei capillari della retina. Ma è comunque una diagnosi diffiicile perché non è detto che questi segni si presentino soprattutto all'inizio.

Entrambe le forme hanno comunque un tasso di mortalità praticamente del 100%.

 Nella maggior parte dei casi, quando il coronavirus entra nell'intestino del gatto, i macrofagi, cellule immunitarie comuni a tutti i mammiferi, incapsulano il virus e lo disgregano inondandolo di acidi ed enzimi digestivi. I virus uccisi in questo modo ed i loro componenti, vengono utilizzati dal sistema immunitario per costruire una difesa specifica contro l'invasione sotto forma di anticorpi specifici. 

In alcuni gatti, però, durante l'infezione, avviene una mutazione nel coronavirus che gli permette di sopravvivere all'attacco dei macrofagi. Invece di essere ucciso dai macrofagi, il virus li usa come mezzo di trasporto per penetrare nel sistema vascolare. La risposta dei macrofagi aumenta nel tentativo di sconfiggere il virus, ma questa risposta non fa altro che produrre enormi quantità di macrofagi inefficienti e proteine immunologiche che formano uno speciale tessuto chiamato piogranuloma. La FIP è fondamentalmente l'infiltrazione dei normali organi con piogranuloma. 

La mutazione avviene con più probabilità con un sistema immunitario compromesso. Un altro fattore è l'esposizione multipla all'infezione. In  un ambiente affollato, se il gatto viene continuamente reinfettato, è più facile che avvenga la mutazione che causa la FIP

Per qualche ragione misteriosa, il virus mutato che causa la FIP non arriva ad esternalizzarsi con le normali secrezioni del gatto, ma resta a tutti gli effetti confinato all'interno del suo corpo. 

Per questo la FIP non è contagiosa. Ma il normale coronavirus si.

Purtroppo non esistono test per distinguere il normale coronavirus, da quello a rischio di mutazione, anche perché si tratta esattamente dello stesso virus. Il fatto che possa mutare o no sembra più legato alla sua capacità di replicarsi liberamente, ovvero alle condizioni del sistema immunitario del gatto. E non esistono nemmeno test per individuare il virus mutato, in quanto queste mutazioni avvengono in diversi punti dei due geni contenuti nel virus. 

Tra i vari test esistenti per individuare il coronavirus, il migliore è senza dubbio il test PCR, in quanto, oltre ad essere più sensibile ed accurato degli altri, questo test riesce a distinguere tra l'infezione attiva ed una esposizione passata, cosa che i normali test che valutano la titolazione degli anticorpi non possono fare.

Nella malaugurata ipotesi che un gatto dovesse morire di FIP, prima di portare un altro gatto in casa, conviene aspettare qualche mese per essere sicuro che il coronavirus sia completamente scomparso dall'ambiente. In caso di altri gatti già presenti, prima di introdurre un nuovo gatto, è conveniente testare periodicamente i superstiti finché non si ottengano test negativi.

Per concludere, ricordate che il coronavirus felino non è trasmissibile né agli umani, né ai cani.